剧场版搬出了久违的[黑暗组织],上一次出现是第5部《天国的倒计时》。今次的故事剧情主要讲述以东京为中心,发生了6件大范围的连续杀人事件。除了目暮警官、其他各县的刑警们,还有小五郎都参加了搜查会议。在机缘巧合之下,柯南偶然发现从会议场溜出的一位刑警乘上了一辆跑车。柯南瞬间愕然,“那辆车…。难道,是琴的!!”这毫无疑问是[黑暗组织]中的一人乔装打扮进入会议场地,然后乘坐琴的跑车逃走。连续杀人事件的凶手毫无疑问是[黑暗组织]的人。故事在此刻一触即发!如果工藤新一还活着的事被琴知道了,不仅是新一,和他有关联的柯南和其朋友们也会被抹杀掉。知道事情的极度严重性后,柯南开始了单独搜查。