蜘蛛3D纽约地铁系统最近被一群有毒的小蜘蛛搞得焦头烂额,于是他们派遣了一位专家-托马斯霍华德前往调查。人如果被这些小蜘蛛咬到之后,就会变得非常暴力且在24小时之内死亡。这场蜘蛛之祸迅速蔓延到整个纽约市。托马斯引进一种基因被改造过的不育蜘蛛种群来杀死这些入侵者。一伙居住在地铁下水道里的流浪儿童发现原来他们还有邻居一只高3英尺的正处于换皮时期的巨型蜘蛛。 不同的是这次的蜘蛛不但体形巨大,而且行动非常迅速,所有的人类都将变成这巨大生物的食物。而托马斯女友10岁的女儿也被发现和一群流浪儿童一起失踪了。当上头派军队进入地铁系统调查的时候,他们发现有好几只蜘蛛已经进入了成年期——身高达到了30英尺,且好像发展出了人类的智慧……